На сайте Алексея Аксёнова рассказывается о том, как организовать защищённый при помощи протокола IPSEC канал связи между Linux и Windows-машинами. Со сторны Linux задействован пакет FreeS/WAN, со стороны Windows - Transport Mode c использованием PSK (publicly shared key).
Cтатья - http://www.ezh.msk.ru/article/ipsec/